L’attuale chiesa è la terza costruita sullo stesso sito. Una caratteristica distintiva dell’esterno è il campanile slanciato, quasi delicato, che si eleva per circa due piani e mezzo sopra l’edificio della chiesa. In relazione al nome “Santa Maria dell’Anima”, è particolarmente degna di nota la scultura sul frontone sopra il portale principale: la Regina del Cielo in trono con il Bambino Gesù è implorata da due figure nude, le “animae” (anime povere), inginocchiate ai suoi lati.

L’interno della chiesa è concepito come una sala a tre navate e quattro campate, con cappelle disposte trasversalmente sotto forma di nicchie. Le cappelle sono otto e si chiamano: cappella di San Benno; cappella di Sant’Anna; cappella di San Marco, Fugger o della Santa Croce; cappella della Pietà; cappella del Margravio o del Centurione; cappella di Santa Barbara; cappella di San Giovanni Nepomuceno; cappella di San Lamberto. A causa della conformazione del terreno, la navata ha una forma leggermente trapezoidale; lo spazio è articolato da pilastri con pianta a croce.

Un simbolo particolare, presente anche all’interno della chiesa, è l’aquila imperiale bicipite. Essa rappresenta il riuscito tentativo di porre l’“Anima” sotto la protezione del Sacro Romano Impero della Nazione Germanica. Nel XVIII secolo il protettorato imperiale passò direttamente alla Casa d’Asburgo.

Tra le opere d’arte più importanti della chiesa di Santa Maria dell’Anima si annoverano la pala d’altare di Giulio Romano, il monumento funebre di Papa Adriano VI, nonché opere di Francesco Salviati, Carlo Saraceni, Lorenzetto (vero nome Lorenzo Giovanni di Ludovico), Girolamo Siciolante (detto “il Sermoneta”) e Johann Weyringer.