Das Päpstliche Institut S. Maria dell’Anima nimmt drei Aufgabenbereiche wahr: die Pfarr- und Pilgerseelsorge und die Führung des Priesterkollegs. Es gehört zu den Aufgaben von S. Maria dell’Anima, allen deutschsprachigen Pilgern und Besuchern Roms in der Ewigen Stadt Heimat zu bieten und sie erleben zu lassen, dass sie mit ihrer Eigenart und ihrer speziellen Prägung einen wichtigen und gesicherten Platz in der Vielfalt der katholischen Kirche haben.
Die Kirche der “Anima” steht allen Pilgern offen, ob sie mit der deutschsprachigen Gemeinde den Gottesdienst mitfeiern möchten oder ob sie einen Ort suchen, an dem sie mit ihrer Gruppe und dem sie begleitenden Priester Gottesdienst feiern können.
Santa Maria dell’Anima ist zunächst jedoch der Sitz der deutschsprachigen katholischen “Pfarrgemeinde” von Rom und nimmt damit Teil am bunten Kreis der fremdsprachigen Gemeinden in der Diözese Rom. Eine Eigenart der deutschsprachigen Gemeinde von Rom ist, dass sie zum gegenseitigen Kennenlernen einlädt. In dieser Gemeinde soll in besonderer Weise Begegnung zwischen der Kirche von Rom und den deutschsprachigen Kirchengemeinden ermöglicht werden. Dies ist vor allem für die neu Zugezogenen oder nur kürzer in Rom lebenden Gemeindemitglieder von großer Bedeutung. Charakteristisch für die Gemeinde ist überdies, dass sich ihr sehr viele Studenten zugehörig fühlen, die nur kurze Zeit zum Studienaufenthalt in Rom sind, wie ebenso die Tatsache, dass die Gemeindegottesdienste oftmals von vielen Pilgern und Besuchern mitgefeiert werden.
Schließlich ist als dritte Aufgabe von S. Maria dell’Anima das Priesterkolleg zu nennen. Im Kolleg werden Priester aus jenen Diözesen, die einst zum Heiligen Römischen Reich gehört haben, aufgenommen. Hier sollen sie Gelegenheit haben, ihre Studien zu vertiefen und gleichzeitig die Römische Kurie und deren “Stil” kennen zu lernen, damit sie dann in ihren Heimatdiözesen eine Brückenfunktion einnehmen können, die den Dialog zwischen der Kirche und dem Zentrum der Weltkirche ermöglicht und fördert.
Das Priesterkolleg und die Kirche der Deutschsprachigen in Rom, die „Anima“, blickt auf sechshundert Jahre Geschichte zurück. Als Gründungsjahr ist nach neueren Untersuchungen das Jahr 1350 wahrscheinlich; eine erste Erwähnung findet sich dann für das Jahr 1398 in einer Bulle von Papst Bonifaz IX. In dieser wird das Ehepaar Johannes Peter und Katharina aus Dordrecht als Gründer genannt. Die Gründung geschah zu Ehren der Gottesmutter unter dem Titel „beatae Mariae animarum“ und war ein Hospiz für Personen der deutschen Nation. Als der „Anima“ finanziell über anfängliche Schwierigkeiten hinweggeholfen werden sollte, tat sich besonders der spätere Rektor Dietrich von Niem hervor. Er war es auch, der der Bruderschaft als Träger des Hospitals ein Statut gab. Am 21. Mai 1406 verlieh Papst Innozenz VII. dem Hospital einen Schutzbrief, der es von den pfarrlichen und städtischen Jurisdiktionen befreite und unter den speziellen Schutz des Heiligen Stuhles stellte. Derselbe Papst bekräftigte kurze Zeit später auch die Gründung, wobei ausdrücklich erwähnt wird, dass das errichtete Hospital den Zweck verfolge, die Armen und Pilger deutscher Nation zu sammeln, sie zu stärken und ihre Gesundheit wieder herzustellen. Für die weitere Entwicklung ausschlaggebend war neben der Genehmigung, einen eigenen Friedhof zu errichten, auch die Inkorporation des St. Andreas-Hospitals. Durch eine Bulle Papst Eugens IV. von 1444 wurde die „Anima“ zur Seelsorge an den deutschen Pilgern und Armen, zum regelmäßigen Gottesdienst und zur Spendung der Sakramente ermächtigt.
Obwohl im Jahre 1499 erst ein halbes Jahrhundert seit der Fertigstellung der gotischen Kirche Santa Maria dell’Anima verstrichen war, wurde der Neubau der Kirche beschlossen. Gründe dafür waren wohl vorwiegend Rivalitäten zwischen den einzelnen Nationen und das in Rom aufbrechende Kulturverständnis der Renaissance. Im Jahre 1542 konnte die fertig gestellte Kirche schließlich der Konsekration unterzogen werden. Martin Luther meinte bei seinem Romaufenthalt 1511 über „die deutsche Kirche im Spital“: „die ist die beste, hat einen deutschen Pfarrherr.“ In den folgenden Jahrhunderten ist die Geschichte der „Anima“ von einigen Rückschlägen geprägt, die zuweilen die Existenz des Nationalinstituts gänzlich infrage stellten: Im Zuge der Französischen Revolution wurde die Kirche von Franzosen geplündert und die Sakristei als Pferdestall benutzt. Später betrachteten die Spanischen Niederlande die „Anima“ als ihre Gründung, während das allzu stark gewordene italienische Element den ursprünglichen stiftungsgemäßen Charakter zu verwischen drohte. In letzteren Fällen war es das Haus Österreich, das auf Grund seines Protektorates korrigierend eingriff. Santa Maria dell’Anima ist die Kirche der deutsch sprechenden Katholiken und möchte diesen ein Stück Heimat in der Fremde sein. Im Jahr 1859 erfolgte durch den seligen Papst Pius IX. die Gründung des Priesterkollegs von S. Maria dell’Anima, in dem Priester aus den deutschsprachigen Ländern Gelegenheit erhalen sollen, ihre Studien zu vervollkommnen, die Römische Kurie besser kennen zu lernen und in der Seelsorge der deutschsprachigen Gemeinde in Rom mitzuhelfen.
Vom österreichischen Kaiser Franz Joseph I. beantragt erfolgte Mitte des 19. Jahrhunderts eine völlige Neuordnung der Stiftung, infolge derer 1859 vom seligen Papst Pius IX. ein Priesterkolleg errichtet wurde, in das Priester aus jenen Diözesen die Teil des Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation waren, aufgenommen werden konnten.
Hier sollten sie die Gelegenheit haben ihre Studien zu vertiefen und gleichzeitig die Römische Kurie und deren “Stil” kennen zu lernen, damit sie dann in ihren Heimatdiözesen eine Brückenfunktion einnehmen können, die den Dialog zwischen der Kirche und in den deutschsprachigen Ländern und dem Zentrum der Weltkirche ermöglicht und fördert. Zahlreiche dieser Priester haben im Lauf der Zeit in ihren Heimatdiözesen verantwortliche Aufgaben übernommen und mehrere von ihnen wurden zu Bischöfen berufen. So sind etwas der Erzbischof von Bamberg, die Bischöfe von Münster, Aachen, Magdeburg, Eisenstadt, St. Gallen ebenso wie mehrere Weihbischöfe Absolventen der “Anima”